Jonas est jeté « dans le cœur de la mer » (v. 4), les courants d’eau le couvrent jusqu’à lui ôter la vie (v. 6). Il descend jusqu’aux racines des montagnes où il aurait pu être enfermé pour toujours (v. 7), mais Dieu envoie alors un grand poisson, probablement « un grand cachalot » capable d’avaler un être humain, en raison de sa gorge assez large pour cela. Il reste dans le ventre du poisson « trois jours et trois nuits » (v. 1), devenant ainsi un type de Christ qui a passé par la mort, a été enseveli et est ressuscité pour notre salut.
Jonas crie à Dieu, « du sein du séjour des morts » (v. 2), et celui-ci parle au poisson, « et le poisson vomit Jonas sur la terre » (v. 11). Jonas déclare : « Quand mon âme était abattue au-dedans de moi, je me suis souvenu de l’Eternel, et ma prière est parvenue jusqu’à toi, dans ton saint temple » (v. 8). Il reconnaît alors « la miséricorde » de Dieu (v. 9), et renouvelle sa consécration : « Pour moi, je t’offrirai des sacrifices avec un cri d’actions de grâces, j’accomplirai les vœux que j’ai faits : Le salut vient de l’Eternel » (v. 10). A la lumière des premiers versets du chapitre suivant, il est possible de penser qu’il fit le vœu d’accomplir la mission que Dieu lui avait confiée : aller prêcher à Ninive.
L’histoire de Jonas et les leçons qu’il a dû apprendre personnellement ont aussi une portée prophétique pour le peuple juif qui s’est rebellé contre l’Eternel, qui a été rejeté par lui, à cause de sa désobéissance et a été dispersé dans « la mer » des peuples. Après un profond travail de conscience, il apprendra les mêmes leçons que Jonas en vue d’une restauration finale.